闫希军说，学术不端行为严重影响了科学研究的社会公信力，个别院士的卷入，更使人们对整个社会的诚信体系产生怀疑。
同时，他还提出，学术不端为腐败提供了温床。在各种学术不端行为中，有的涉嫌不正当商业竞争，有的为了骗取巨额科研经费，有的为了谋取个人学位、职称、奖金等名利，有的甚至演变为人身伤害的刑事案件。这些不端行为，从一般学术论文扩散到高科技领域，从青年学生扩散到高级专家。
闫希军认为，尽管近年来相关部委和各科研院校，采取了多种措施加强学术道德和学风建设，但一些规章制度约束效力主要限于道德层面，约束范围限于体制内成员，主要是指导、建议或劝诫作用，缺乏法律的强制性、权威性。学术不端者所付出的代价和成本太低，导致一些人心存侥幸，铤而走险，客观上放纵了学术不端行为。
他建议，应通过立法，明确学术行为人的权利与义务关系，使学术诚信的要求能够标准化和可操作化。通过立法，建立健全对学术不端行为的投诉举报机制，形成完善的外部监督；建立并完善对学术不端行为的专门调查机构，明确其职责和权限；对不端行为的调查处理结果及时向社会公布，保证公众的知情权。另外，加大对学术不端行为的惩处力度。特别是对于以虚假课题或项目等形式骗取扶持资金，甚至以虚假成果损害他人或社会利益的，建议设立独立的“学术欺诈罪”，予以严厉处罚。对于高科技、高职位、高智力的学术欺诈行为，更要从严惩处。